Ein weiterer Tag im Leben eines Bacheloranten

So, heute hab ich endlich die Optimierung der Strukturen mit eingebaut. Allerdings läuft bisher noch alles über Dateien, also wahrscheinlich noch eine recht langsame Version. Im Grunde werden die Monomere einmal optimiert, dann geladen, die Rotationsdimere berechnet, geschrieben und danach sukzessive mit dem Tinker-Programm "optimize" optimiert und der resultierende Energiewert gespeichert. Dabei werden nur Strukturen hinzugefügt, die eine eigene Energie haben, oder zumindest eine eigene Struktur. (mit Toleranzbereichen) Dabei ergibt sich auch schon ein kleines Problem ... oder auch nicht, wie mans nimmt ;). Denn ich verwende noch zwei Methanol-Moleküle zu testen. Dabei ergeben sich Dimerstrukturen, bei denen die Moleküle sich als Donor und Akzeptor abwechseln. Dabei sind die Energien natürlich gleich. Die Gleichheit der Strukturen werden mit dem Tinker-Programm "superpose" überprüft. Das Problem dabei ist, dass dieses anscheinend nur die Atome mit dem gleichen Index vergleicht, oder so ähnlich. Dies ließ sich bisher auch nicht durch Angabe eigener "Atom-Maps" korrigieren. Aber villeicht habe ich da noch etwas übersehen. Bei zwei verschiedenen Molekülen und asymmetrischeren Dimeren sollte das auch kein so großes Problem sein.

Und unser Arbeitskreis hat heute ein Maskottchen bekommen. Eine Taube saß zusammengekauert auf dem Fluchtwegs-Balkon und wollte partout nicht gehen. Erst als wir auch gingen ^^. Wir haben sie "Kim" getauft. Hier ein kleines Bildchen von ihr: