Ja, ich bin noch da.

Ok, resume-Funktion scheint zu funktionieren, macht also seinem Namen alle Ehre ;).
Wobei man dazu sagen muss, dass noch keine Rechnung damit fertig geworden ist, aber immerhin rechnet er.
Der Test mit einem kleineren Basissatz (3-21G) hat natürlich ohne Probleme durchgelaufen...
Mysteriöser Weise scheinen die Rechnungen bisher allerdings doch weiter zu machen. Ich habe also noch Hoffnung.

Zu schön wärs gewesen ...

... würde mein Programm im quantenmechanischen Fall ohne Fehler durchlaufen. Aber nein, heute musste ich feststellen, dass es nun doch wieder aufgetaucht ist und mein eine Rechnung bei so etwa 55 % stoppt, oder so :/. Darum werde ich wohl erstmal eine Resume-Funktion einbauen müssen.

Kartoffeln ftw

Da fragt man sich als Heimexperimentierer ständig, was man so als einfachen (Nicht-Mac-Gyver)-tauglichen Ionenleiter verwenden kann, weil die Salzbrücke irgendwie nicht will und dabei liegt die Antwort in der Küche. Denn anscheinend lassen sich Kartoffeln hervorragend als Membran/Ionenleiter verwenden. Und wie es aussieht noch viel besser, wenn sie gekocht sind (Artikel). Das werde ich demnächst erstmal ausprobieren müssen ^^.

Und mal wieder ...

einen Fehler gefunden, der im Grunde hätte verhindern müssen, dass mein Programm überhaupt funktioniert. Beim Gruppieren der Beads wurden Hs, die vorher definiert wurden, auf die gleiche Position gesetzt, wie das Zentralatom, weshalb die Wasserstoffatome nicht vorher definiert werden durften ;). Naja, jetzt sollte es wohl gehen.

Hoffentlich.

Puh, es geht mal voran.

Denn einerseits scheinen jetzt meine quantenchemischen Rechnungen auch durch zu laufen und andererseits habe ich die OC-Prüfung hinter mir. Warum die Rechnungen vorher immer zufällig abgebrochen haben, kann ich nur leider trotzdem noch nicht sagen. Irgendwie geht es jetzt halt, obwohl ich nichts wichtiges geändert haben dürfte ^^. Nunja, vielleicht ists auch nur Glück, dass die Rechnungen noch alle laufen, aber solange es funktioniert soll mir das recht sein ;).

Da ich gerade bei Quantenmechanik bin:
Ich hatte die Distribution nun zwar heruntergeladen, nur leider wollte mein PC sie nicht installieren. Ich schätze die Version war doch noch zu alt, als dass man sie von einem SATA-DVD-Laufwerk hätte installieren können. Jedenfalls habe ich es dafür hinbekommen, den Code selbst zu kompillieren. Und es funktioniert sehr gut. Ich hatte mir das HOMO und LUMO von Wasser berechnen und anzeigen lassen. Zur Optimierung wurde CCSD(T) mit 6-31G** verwendet, wenn ich mich recht erinner. War sehr cool. Wenn ich das Bild noch finde, lade ich es stpäter noch hoch. Jedenfalls war das größte Problem beim Kompillieren natürlich erstmal, dass ich die elementaren Pakete nicht installiert hatte. Danach gab es aber irgendwie noch ständig Fehler, dass "fprintf" nicht definiert wurde usw. Das lässt sich aber schnellen Hack aber damit beheben, einfach "cstdio" in die entsprechenden Dateien einzufügen. Kommt nur leider n bisschen häufiger vor, aber danach hat es funktioniert.

Oh und ich habe letztens einen Preis verliehen bekommen: Den Super Bock Award ^^. Und zwar dafür, dass ich in unsere AK-Wiki als erster "unabhängige" Person geschrieben habe. Super Bock ist eine portugiesische Bier-Marke, die dort und wohl auch außerhalb schon einen Kultstatus inne hat.

So, ich glaub das wars erstmal wieder von mir.
Heidyho

Und es rechnet ... nicht mehr.

Aber leider nicht weil es alles geklappt hat und es fertig ist. Wäre ja auch zu schön. Aus mysteriösen gründen wird die optimierte Struktur manchmal nicht zurückkopiert und der Kern macht nicht weiter. Das heißt irgendwann stoppt mein Programm einfach. Als ob es nicht eh schon ein paar Wochen brauchen würde, bis es fertig wird.
Und das obwohl ich eh schon nicht damit hinterher komme, die Theorie nachzulesen. Das wird noch ein Spaß....

Und noch was in eigener Sache:
Wir, oder besser gesagt Jonas, kamen mal darauf, dass wir uns gerne die MOs anzeigen lassen würden. Das scheint ganz gut mit dem cube-Dateiformat zu gehen. Zwar kann PyMol anscheinend nicht zwei isolevel gleichzeitig anzeigen (positive und negative Werte der Wellenfunktion?), aber wenn man die Datei kopiert und zwei mal öffnet, lässt sich das ja umgehen. Nur jetzt muss man die nur noch zuhause erstellen können. Es gibt einige freie QM-Programme, die Strukturen optimieren können. MPQC funktioniert z.B. ziemlich gut. Leider kann das anscheinend keine cube-Dateien erstellen. PSI3 sah da sehr vielversprechend aus. Das wiederum gibt mir allerdings ständig Speicherzugriffsfehler aus. :/ Und selbst kompillieren mal wieder extrem nervig wird, ist das schon wieder ein bisschen auf Eis. Aber ich habe letztens eine Knoppix-Distribution (Knochem) gefunden, die das standardmäßig drin haben soll. Ist auch net soo alt ^^. Vielleicht funktioniert es ja da....

Und es rechnet ...

Das QM-interface scheint nun größtenteils zu funktionieren. Nur bei der Optimierung der Dimere muss ich nochmal sehen, ob die Dateien auch wieder ordentlich geschrieben werden, nach der Optimierung. Das schien bei dem einen fertigen bisher nicht so wirklich der Fall zu sein. Aber ich denke nun auch den Fehler gefunden zu haben, warum die Limitierung auf nur hydrophile Beads nicht funktioniert hatte. Ich hatte natürlich vergessen auf hydrophobe Beads zu überprüfen (besser gesagt die hydrophoben des ersten/einen Moleküls). Achja, wens interessiert: So eine Optimierung eines Dimers dauert etwa 22 Stunden.